Gli ultimi studi hanno profondamente modificato le ipotesi circa le origini della città di Mola.
Il significato stesso del nome Mola (Maula, Maulum, Maule, Moles) è ancora del tutto sconosciuto e diverse sono le ipotesi formulate per tentare di carpirne il senso.
Oggi è stata abbandonata l’ipotesi del De Santis che attribuiva al nome Mola una origine greca: che essa ricordi una vittoria, o almeno il campo di una battaglia (MOLOS: lotta, combattimento) di quel popolo che in tempi remotissimi colonizzò il meriggio d’Italia?.[1] Tale ipotesi secondo questo autore suffragherebbe l’origine greca della città, origine peraltro mai dimostrata.
Secondo il prof. Michele Calabrese il nome sarebbe di origine latina e deriverebbe da MOLA ossia macina molitoria dei cereali e delle olive [2]
Il toponimo potrebbe quindi derivare dalla presenza numerosa nel territorio di frantoi atti a macinare olive e sarebbe confermata dall’esistenza nella città vecchia della via Molino che ricorda i frantoi una volta presenti nella stessa strada.
L’esistenza dei resti di una torre normanna all’interno del castello[3] ridà forza ad un’altra ipotesi ossia che Mola possa derivare da “Moles” termine che indica la presenza di una costruzione di una certa importanza posta lungo il litorale.[4]
La denominazione Moles potrebbe trarre origine anche da moli per l’imbarco delle merci provenienti dalla vicina Azetium e quindi il sito avrebbe rappresentato il porto commerciale della città vicina.[5]

È ormai certo che il suo territorio è stato popolato sin dal neolitico come attestano i numerosi rinvenimenti non solo lungo la costa ma anche nell’entroterra.

Le numerose lame con insediamenti in grotta, l’esistenza di un importante luogo di culto e di commercio rappresentato dalla chiesa di S. Giovanni [6] hanno fatto ipotizzare una vera e propria città rupestre che pur essendo antecedente alla città angioina, ne ha seguito ed in piccola parte ne segue ancora l’evoluzione storica[7].
[1] G. de Santis, Ricordi storici di Mola di Bari, Napoli 1880, pag. 19
[2] M. Calabrese, Mola di Bari: colori suoni memorie di Puglia; Laterza ed. Bari 1987, p.176
[3] L. Casavola, V. Ventura, Relazione di scavo Settembre-Ottobre 1999/ Gennaio-Febbraio 2000; Mola di Bari
[4] S. Consiglio , Mola dalle origini al 1500 cenni storici, in Mola tra Ottocento e Novecento, Edizioni dal sud, Bari1985 pag.15
[5] G. Berlingerio, L’oro di Mola dalle grotte al mare, Levate editori Bari 2010, p.29-33
[6] G. Berlingerio, La chiesetta di S. Giovanni Battista, tra storia e leggenda, Ed. Realtà Nuove 2006
[7] G. Berlingerio, La torre di Peppe Mola che scompare, Schena ed., Fasano 1988, p.55-57